As finais
As finais serão disputadas no sistema de confronto eliminatório, jogos de ida e volta. A equipe que somar mais pontos ao final do jogo de volta, será campeã. Persistindo empate em número de pontos, a equipe com melhor saldo de gols ficará com o título. Caso haja empate também no saldo de gols, o Clube Atlético Tubarão ficará com o título.
Vagas na Copa São Paulo de Futebol Júnior 2019
Conforme decisão do Conselho Técnico do Catarinense Júnior Série A, independentemente do número de vagas disponíveis para clubes catarinenses na Copa São Paulo de Futebol Júnior 2019, todas serão distribuídas mediante a classificação do Catarinense Júnior Série A 2018.